目前，净化手术室工程已经在各大小医院普遍实施，净化手术室为人们带来健康福利。不过，关于净化手术室工程
，存在着一些认识误区。
净化手术室工程标准不符合国情
国外医院第2级手术室采用两级过滤，而我国《规范》提出的手术室通风空调系统均要求三级过滤，有人认为，我们对空气净化要求高于国外，不符合中国国情。其实，这正是基于我国国情的标准，因为我国的现实条件下室外大气尘浓度是欧美国家2至3倍，因此不得不增加空气过滤级数、并提高末级过滤效率。
实施净化手术室工程一劳永逸减少感染
接触污染一直是术后感染的主要原因，不过，长期以来消毒灭菌规程十分完善与规范，因此，净化手术室实现的空气途径污染控制才备受重视。建设了净化手术室，常规的消毒灭菌规程也是必不可少的。另外，即便建设了净化手术室，后期的运行管理也是十分重要的。有的医护人员认为有了净化手术室，便对其他方面的洁净工作掉以轻心，这是不正确的态度。
净化手术室工程造价太高
目前手术部建设费用普遍较高，尤其是三甲医院手术部造价更是超高。但是，净化手术室工程造价高能够“归咎”于“净化”吗?调研表明，净化空调系统的费用一般只占总价的五分之一!目前手术部建设费用偏高的原因大多在于手术部面积过大、装修奢华成本高、超高的医疗配置、不合理的平面布局，不合适的自控与冗余智能化，甚至整套进口国外手术室!
净化工程公司在设计和实施手术室工程时，一定要认真领会《医院洁净手术部建筑技术规范》、《医院洁净手术部建设标准》等，比如是“洁污分明”还是“洁污分流”，比如对洁净手术室面积的规定。医院应选择优秀的设计和施工单位，并且要全程参与，力争净化工程顺利实施，工程造价合理。